Muldensteine lassen sich mit verschiedenen Methoden verfugen. Am einfachsten und beliebtesten ist die Verfugung mit Fugensplitt. Sind die Fugen schmaler, kann man stattdessen Fugensand verwenden. Alternativ können Muldensteine auch mit starrem Fugenmörtel verfugt werden, wobei aber mehrere Dehnungsfugen nötig sind.
Wenn man Muldensteine stabil verfugen möchte, ist Fugensplitt ideal dafür geeignet. Die beste Körnung zum Einkehren und Einschlämmen beträgt 2 mm. Nachdem man den ersten Bereich mit Muldensteinen ausgelegt hat, schüttet man den Fugensplitt auf und kehrt ihn ein. Der Vorgang wird so oft wiederholt, bis die Fugen mit dem oberen Steinrand abschließen oder aber maximal 1 mm darunter enden.
Eine andere Möglichkeit zum Muldensteine Verfugen ist Fugensand. Der feinkörnige Quarzsand lässt sich ganz einfach in die Fugen einkehren, auch wenn man sich für die schmalste Fugenbreite entschieden hat. Man verlegt das erste Stück Muldensteine, beispielsweise 1 m². Nun schüttet man den Fugensand auf und kehrt oder schlämmt ihn ein. Sollte die Fuge zu tief sein, wiederholt man den Vorgang.
Alternativ kann man Muldensteine auch mit Fugenmörtel verfugen. Hier ist es besonders wichtig, den Herstellerangaben zu folgen und gegebenenfalls eine Probe-Verfugung vorzunehmen. Wenn man Muldensteine mit Fugenmörtel verfugt, muss man zusätzliche Dehnungsfugen einplanen. Diese werden mit einem flexiblen Material verfugt, da es sonst perspektivisch zu Spannungs- und Dehnungsrissen kommt. Nach dem Anmischen wird der Fugenmörtel aufgetragen, eingerieben und anschließend geglättet.
Um feste Fugen zu erzeugen, ist das Abrütteln der Fugenfüllung essenziell. Allerdings sollte man hier Vorsicht walten lassen und überschüssiges Fugenmaterial im Vorfeld abkehren. Anderenfalls sind sichtbare Oberflächenschäden auf den Muldensteinen unvermeidlich. Gerade bei Splitt ist zu beachten, dass kein einziges Steinchen auf den Muldensteinen liegen darf. Eine sorgfältige Prüfung ist vor dem notwendigen Abrütteln daher immer (besser mehrfach) durchzuführen.